Nel 1785 Leopoldo Pollack venne chiamato come sostituto di Piermarini per la realizzazione del nuovo Teatro Anatomico, che venne portato a compimento dopo aver preso contatto con il professore di anatomia Antonio Scarpa per conoscere le esigenze legate alla moderna impostazione dell'insegnamento e della ricerca. La realizzazione del progetto fu tempestiva e nel 1786 i lavori volgevano al termine. L'aula semicircolare è da mettere in relazione ai modelli dei teatri antichi e all'esempio della realizzazione palladiana del Teatro Olimpico di Vicenza. Sul lato corto si aprono tre grandi finestre a tutto sesto, alle quali se ne aggiungono altre due, una per ogni parte, all'innesto del lato curvo; tra una finestra e l'altra sono dipinte delle urne cinerarie con geni alati di tipo funerario. Il motivo ad arco incominciato dalle finestre è moltiplicato dalle nicchie che si susseguono lungo tutto il lato curvo e contengono i busti marmorei di Scarpa, Panizza, Zoya, Sala, Pensa, Brambilla, Frank e Porta. La cavea, interamente realizzata in legno, è completata da balaustre a pilastrini; banchi e cattedra costituiscono due zone del tutto isolate con accessi separati. L'aula ebbe in un primo tempo il soffitto a cassettoni previsto da Pollack, come risulta anche dalle incisioni di Pietro Gilardoni del 1795, mentre l'attuale volta e la lanterna sono dovute al rifacimento del Marchesi, negli anni successivi alla restaurazione austriaca. Il soffitto ad ombrello innesta con naturalezza ogni spicchio sull'arco delle nicchie ed è dipinto da seguaci di Appiani con candelabre a grottesche pompeiane alternate a figure alate che reggono i ferri del chirurgo. La decorazione ad affresco subì un primo restauro nel 1873 ad opera dei pittore pavese Carlo Sara, su incarico del rettore Francesco Cattaneo e un successivo restauro nel 1952. Il prospetto esterno è di grande rigore formale: il muro a bugnato è interrotto dalle tre finestre ad arco rette da piccole mensole; nel timpano, un oculo contiene un vaso cinerario. L'argomento fondamentale di un'aula di anatomia, cioè la morte, è chiaramente espresso dai cippi e dai vasi funerari, perché come il periodo neoclassico esigeva, la funzione di un luogo doveva essere manifestata anche dalla decorazione. L'aula venne in seguito dedicata ad Antonio Scarpa che si era proposto di fare della scuola anatomica pavese 'la prima in Europa'. Scarpa aveva aiutato Pollack con richieste e consigli durante la progettazione dell'aula e l'aveva lui stesso inaugurata il 31 ottobre 1785 con un solenne discorso.
